Après avoir dérobé le Graal Supérieur de Fuyuki à la fin de la Seconde Guerre Mondiale, la famille Yggmillennia se sépare 60 ans plus tard de l'Association des Mages.
Leur rébellion provoque une division entre 2 factions de Maîtres, invoquant chacun 7 esprits héroïques pour une guerre de front entre 14 Servants, le tout surveillé par Ruler, Servent médiateur envoyé directement par le saint Graal.
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Les deux factions se préparent au combat final et les alliances se forment entre Servants et Maîtres afin d'obtenir la Coupe sacrée suprême.
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